La Fondazione MUSEO DIOCESANO è fondazione di religione e di culto istituita canonicamente con decreto vescovile del 15 febbraio 1978, ed ente ecclesiastico civilmente riconosciuto nell’ordinamento italiano, a norma della legislazione pattizia. La Fondazione ha sede nel chiostro maggiore di S. Giuseppe, ingresso da Via Gasparo da Salò, nr. 13 a Brescia.
La Fondazione MUSEO DIOCESANO non ha fine di lucro e le sue attività sono orientate alla piena operatività degli scopi statutari, in primis quello di religione e culto, perseguito attraverso la promozione, valorizzazione e tutela del Museo diocesano, dei beni e del materiale storico artistico proveniente anche dagli enti ecclesiastici della Diocesi di Brescia, in esso custoditi, come strumento di formazione e trasmissione della fede e di comprensione culturale e religiosa di tale patrimonio. Le attività della Fondazione sono orientate inoltre alla cura ed alla salvaguardia del materiale storico e artistico presente nel Museo. Altre attività svolte riguardano lo studio, la promozione e l'approfondimento dei fenomeni artistici, culturali e religiosi e la loro reciproca connessione; vengono svolte anche attività didattiche, soprattutto a livello scolastico, con pubblicazione di libri / opuscoli, promozione di incontri, conferenze, dibattiti, in linea con la finalità principale dell'Ente.
La Fondazione Museo Diocesano ha un consiglio di amministrazione e un presidente che, a norma dello Statuto, sono nominati direttamente dal Vescovo di Brescia. Il Consiglio di Amministrazione è così composto: